在非小细胞肺癌中，inv（2）（p21；p23）形成融合基因EML4-ALK是非小细胞肺癌中的一种分子亚型；
《2013版中国间变性淋巴瘤激酶（ALK）阳性非小细胞肺癌诊断专家共识》指出，腺癌、年轻（<60岁）、不吸烟、且EGFR、KRAS、HER-2或P53等基因未发生突变的NSCLC患者中，ALK基因阳性的比例高达30%-42%；
病理形态学研究提示在含印戒细胞的黏液型或实性腺癌中的阳性率高于其他类型的肺腺癌（46% vs 8%）；
2013年，CFDA批准赛可瑞（crizotinib，辉瑞公司）用于晚期ALK阳性非小细胞肺癌的靶向治疗，而XALKORI(crizotinib)药物治疗的必要条件是FISH检测ALK阳性的非小细胞肺癌，可先用IHC初筛（D5F3或5A4抗体），1+（5%以上细胞显色）以上的样本接着做FISH确认阳性。

肾脏肿瘤

用于诊断ALK易位型肾细胞癌。其中伴有VCL-ALK融合基因的肾细胞癌为新近提出的亚型，均发生在具有镰状红细胞倾向的青少年，其形态学及超微结构特征符合肾髓质癌的特点，IHCALK具有较强表达，可能受益于ALK靶向治疗。

成纤维细胞/肌成纤维细胞性肿瘤和瘤样病变

应用于器官相关的假肉瘤性肌成纤维细胞增生（organ-associatedpseudosarcomatousmyofibroblasticproliferations），该病是指由肌成纤维细胞反应性增生，组织学形态易误诊为肉瘤的一组病变。42/62（68%）IMT（inflammatorymyofibroblastictumor，炎症性肌纤维母细胞瘤）都伴有ALK/ROS1在内的多个激酶融合基因，大于90%的儿童IMT伴有ALK/ROS1相关易位，可靶向用药治疗；
其中上皮样炎性肌纤维母细胞性肉瘤是一种新近报道的炎性肌纤维母细胞瘤的亚型，多发生于成年人，男性多见。肿瘤多位于肠系膜，部分病例可位于大网膜和腹膜。FISH检测显示ALK基因重排。该亚型在临床上具有高度侵袭性，可在术后不久即发生局部复发或转移，并导致患者死亡；
需要注意：ALK免疫组化在上皮样炎性肌纤维母细胞性肉瘤中因伙伴基因不同而成不同的位置着色，RANBP2-ALK融合呈核内着色，而RRBP1-ALK呈胞浆着色。

其他实体肿瘤

ALK断裂也可发生于结直肠癌（2%-5%）、上皮样纤维组织细胞瘤中（EFH，80%-88%），与ALK靶向药物治疗相关。其中EFH于1989年首次描述为皮肤纤维组织细胞瘤的一种亚型，目前发现有VCL-ALK和SQSTM1-ALK融合基因。EFH需与皮肤肌上皮瘤、上皮样肉瘤和Spitz痣鉴别诊断

淋巴瘤

约60%-85%间变性大细胞淋巴瘤（ALCL）病例表达间变性淋巴瘤激酶（ALK）融合蛋白，这是由于2号染色体上的ALK基因位点发生断裂且与其他基因融合所致。ALK基因与其他基因发生融合（ALK阳性）的患者5年生存率远好于ALK阴性患者（约70%vs30%），且总生存率远好于后者；
2018版CSCO指南指出，ALK阳性ALCL较其他类型PTCL预后好。经过含蒽环类药物的方案治疗后，ALK阳性ALCL的5年无失败生存率和总生存率分别为60%和70%，明显优于其他类型PTCL；
染色体易位和ALK的表达已经被WHO规定为ALCL的临床诊断指标之一。且是药物克唑替尼的作用靶标。

结直肠癌

受体酪氨酸激酶(receptor tyrosine kinases,RTK)染色体重排存在于常见的上皮细胞恶性肿瘤、非小细胞肺癌、结直肠癌、乳腺癌中。已有文献显示，已知驱动肺癌的ALK和ROS1基因易位也可存在于结直肠癌中，该结果意味着用于靶向ALK和ROS1治疗肺癌的药物也可能对结直肠癌患者有益处。