此易位见于分泌性乳腺癌，预后好，可与导管内癌相鉴别。

肾脏肿瘤

先天性中胚层肾瘤（CMN）是一种好发于婴儿的低度恶性纤维母细胞性肾肿瘤，仅占儿童肾肿瘤的3%-6%。细胞型形态学上类似于婴儿型纤维肉瘤，具有丰富的肿瘤细胞、明显异型性和较多核分裂象。此易位见于细胞型CMN中（9/10阳性率），也可见于婴儿型纤维肉瘤中，但未见于经典型CMN和混合型CMN中出现细胞型形态的区域。

纤维组织细胞肿瘤及瘤样病变

可用于婴儿型纤维肉瘤（Infantilefibrosarcoma）；
婴儿型纤维肉瘤可为；
婴儿型纤维肉瘤的重现性融合基因异常，可用于辅助诊断；
大的、富于细胞的婴儿肌纤维瘤与婴儿纤维肉瘤相似，但缺乏ETV6/NTRK3融合；
此融合基因还可出现于炎性肌纤维母细胞肿瘤、“野生型”GIST、成人急性髓系白血病、乳头状甲状腺癌（特别是与辐射暴露相关的）、结直肠癌、黑色素细胞性Spitz肿瘤、胶质母细胞瘤。

涎腺肿瘤

乳腺相似分泌性癌（mammaryanaloguesecretorycarcinoma)是新近报道的类型，少见，形态学与分子生物学改变类似乳腺少见的分泌型癌，以前有归入腺泡细胞癌（少酶原颗粒性、闰管细胞为主亚型），粘液表皮样癌和未特指的腺癌。乳腺相似分泌性癌有特征性的ETV6-NTRK3融合基因，此特征可与腺泡细胞癌、低级别囊腺癌非特指型相鉴别。