大多数间皮瘤存在多种细胞遗传学异常，但尚未有具有诊断意义的异常。最常见的有4/22号单体，5/7/20多体，P16（9p21）缺失等。弥漫性恶性间皮瘤（DMM）是一种具有多种组织学特征的肿瘤，这些特征与大量的肿瘤性及非肿瘤性病变极为相似，这就决定了DMM的形态学谱需要与许多病变进行鉴别诊断。其中之一需区分反应性间皮增生与肿瘤性间皮增生。反应性间皮增生与DMM的鉴别很困难，特别是穿刺活检小标本。用FISH检测p16/CDKN2A缺失是确定DMM诊断的重要指标之一，尤其是在穿刺标本材料有限，且又缺乏浸润依据的情况下。

急性淋巴细胞白血病（ALL）
ALL中最常见的异常之一，包括在儿童ALL中占10%异常；
在T-ALL中大部分为纯合子缺失，在B-ALL中纯合子和杂合子缺失比例相当；预后差。

中枢神经系统肿瘤

2021版CNS分类中，CDKN2A/B缺失与多种肿瘤类型分子异常相关：星形细胞瘤，IDH-突变型，多形性黄色星形细胞瘤，及脑膜瘤（WHO分级为3级）。